ณ เมืองพิจิตร ชาวบ้านพากันแตกตื่นเมื่อไอ้ด่างเกยชัย จระเข้ร้ายออกอาละวาด ขุนไกร หมอจระเข้จากนนทบุรีและ ไกรทอง ลูกชายได้ล่องแพผ่านมาพอดี จึงได้ช่วยชาวบ้านปราบไอ้ด่างเกยชัย แต่ขณะที่ขุนไกรจับไอ้ด่างได้ ท้าวโคจร พญาจระเข้ได้โผล่ขึ้นมางาบขุนไกรจมหายไปในน้ำท่ามกลางความตกตะลึงของทุกคน

ท้าวโคจรอาศัยอยู่ในถ้ำจระเข้กับ ท้าวรำไพ ผู้เป็นพ่อ และลูกชาย ชื่อว่า ชาละวัน ท้าวรำไพพยายามดุด่าว่าท้าวโคจรที่เอาแต่เกเร เที่ยวกัดกินคนไปทั่ว แต่ท้าวโคจรไม่สนใจ จนวันหนึ่ง ท้าวโคจรเกิดไปมีเรื่องกับท้าวพันตา และท้าวพันวัน จระเข้ต่างถิ่นจนเกิดการกัดกันตายทั้งสามฝ่าย ทำให้จระเข้ร้ายหมดไป สร้างความยินดีให้กับชาวบ้านเป็นอันมาก

สิบปีผ่านไป ณ บ้านริมน้ำที่เมืองพิจิตร เศรษฐี มีลูกสาวสองคนคือ ตะเภาแก้ว และ ตะเภาทอง ทั้งสองได้ออกไปเล่นน้ำ ชาละวันซึ่งโตเป็นหนุ่มแล้วเห็นเข้าก็รู้สึกถูกใจ จึงจับตัวตะเภาทองไป สร้างความตื่นตะลึงให้กับเศรษฐีเป็นอันมาก เศรษฐี จึงรีบป่าวประกาศตามหาหมอจระเข้ให้มาช่วยกันจับตัวชาละวัน พร้อมกับจะให้รางวัลอย่างงาม

พญาชาละวันมีเมียอยู่แล้ว สองคน คือ วิมาลา และเลื่อมลายวรรณ ซึ่งรู้สึกไม่พอใจที่ชาละวันจะเอาตะเภาทองมาเป็นเมียอีก แต่ก็ไม่สามารถขัดชาละวันได้ ชาละวันไม่สนใจคำเตือนของท้าวรำไพว่าจะนำเคราะห์มาสู่ตน

ไกรทองได้ล่องแพส่งสินค้ามาจากเมืองนนทบุรี ได้เห็นประกาศของเศรษฐีก็สนใจรับอาสาปราบเจ้าชาละวันโดยมีคู่แข่งคือ เสี่ยเฮง เจ้าของฟาร์มจระเข้ ที่หวังจะได้ตะเภาแก้วมาเป็นเมีย ไกรทองใช้มนต์ล่อชาละวันออกมาหวังใช้หอกจัดการกับเจ้าชาละวัน แต่หอกทำอันตรายชาละวันไม่ได้
ก่อนที่ไกรทองจะถูกชาละวันเล่น อาจารย์คง ก็มาช่วยไกรทองเอาไว้ได้

ไกรทองรู้ว่าอาจารย์คงคือาจารย์ของขุนไกรพ่อของตนจึงขอให้อาจารย์คงช่วยฝึกวิชาให้จนเก่งกล้า
อาจารย์คงบอกว่าการจะฆ่าชาละวันได้ต้องใช้หอกสัตตโลหะเท่านั้น ไกรทองจึงไปหาช่างตีเหล็กที่บึงจระเข้สามพันโดยมีเสี่ยเฮงแอบติดตามไปหวังจะแย่งหอกมาจากไกรทอง แต่กรรมตามทันเมื่อเสี่ยเฮงพลาดท่าตกลงไปในบึงถูกจระเข้กัดกินจนตาย

ท้าวรำไพเตือนชาละวันว่ากำลังมีเคราะห์ให้ชาละวันบำเพ็ญศีลอยู่แต่ในถ้ำ แต่ชาละวันทนมนต์เรียกจระเข้ของไกรทองไม่ไหวจึงระเบิดถ้ำออกมา

ไกรทองได้ใช้เทียนระเบิดน้ำบุกเข้าไปเพื่อช่วยตะเภาทองและเกิดการต่อสู้กับชาละวันขึ้น ไกรทองได้โอกาสใช้หอกสัตตะโลหะแทงชาละวันจนตาย

ชาวเมืองพิจิตรกลับสู่ความสงบอีกครั้ง ตำนานของไกรทองได้คงอยู่คู่เมืองพิจิตรตั้งแต่นั้นมา